『とびだせどうぶつの森』 の 更新情報がホームページで紹介されています。
基本的にはインターネットにつながる環境で、「ニンテンドーeショップ」へ行くとバージョンアップの案内がされるので、それに従えばOKです。
『とびだせどうぶつの森』 で遊ぶ中での不具合の修正がされる ver1.1 が登場したようです。 くわしい更新の方法なども上のリンク先に書かれているのでチェックしてみてください。
ver 1.1 にすると、ver 1.0 のともだちと通信ができないなどの注意点があるので、みんなで一緒に 1.1 に更新しちゃいましょう。
・インターネット環境が無い場合
この場合はもう 「インターネット(無線LAN)環境があるともだちの家で無線LAN接続を使わせてもらう」 ことにつきると思います。
あとは、 NINTENDO 3DS Station (ゲームショップなどの店頭に置かれてる) から Ver1.1 にすることができるようなので、それがいいかもしれないですね。 こちらの 設置店舗の検索 で調べてみてください。
近所だと、JOSHIN (ジョーシン電機) とか Wonder Goo ってお店にあったと思うなぁ。